Oyun Kyle Katarn ve Jan Ors'un İmparatorluk kuvvetlerinin kaynadığını kanıtlayan, Kejim'deki sözde terkedilmiş bir İmparatorluk ileri karakolunu soruşturmasıyla başlar. Kyle ve Jan üsse giden yollar üzerinde mücadele eder ve ışınkılıcı kristalleriyle ilgili araştırma yapıldığını keşfederler. Kyle ve Jan Cortosis kristalleri üzerindeki bağlantıyı izleyerek Artus Prime'a yola çıkar. Bu yer madencilerin esir alındığı, hatta üzerlerinde deneyler yapıldığı İmparatorluk sığınağına dönüşen bir maden sömürgesidir. Katarn İmparatorluk çalışmalarına engel olur; fakat Jan'in iki Kara Jedi, Desann ve Tavion tarafından ele geçirilmesine engel olamaz. Kyle'ın Jedi yöntemlerini terk ettiğinden Tavion'a Jan'i öldürmesi emrini veren Desann'a kolaylıkla yenilmiştir. Kyle'ın Jan'in öldüğüne inanmasından sonra, ilk olarak yeniden Güç enerjilerini kazanmak için Jedi Vadisi'ne ve sonra da ışınkılıcını almak için Jedi Akademisi'ne yolculuk eder. Orada Luke Skywalker'dan Desann'ın kökenini öğrenir. Luke ona bir dizi sınavı tamamlarsa ışınkılıcını geri vermeyi teklif eder. Katarn sınavları kolayca tamamlar. Luke hemen Kyle'ın kendisini Jedi Vadisi'nde yüklediğini anlar. Yolunun tehlikeli olduğu konusunda Katarn'ı uyarır . Bunula beraber Kyle'a Desann'ın Nar Shaddaa'daki bir Rodian suç lordu olan Reelo Baruk ile arasındaki bağlantıyı bulması bilgisini verir. Reelo az bilgisi olduğunu kanıtlar, fakat buna karşın Kyle tesadüfen, Baruk'un zindanlarında esir tutulan Lando Calrissian'ı bulur. Kyle Lando'dan Bespin üzerindeki Bulut Şehri aracılığıyla, Desann'ın devasa, cortosis kristalleri kaçakçılığı operasyonunun bir parçası olduğunu öğrenir. İkisi Reelo'yu kaçırarak Lando'nun gemisi Lady Luck'la Bespin'e giderler. i Doomgiver için liderlik yapan Tavion'u gemisine binmek üzere bulur. Düelloda Kyle'a yenilen Tavion hayatı için yalvarır; ona Jan'in hayatta olduğunu ve Doomgiver gemisinde tutulduğunu söyler. Jan'in sözde ölümü, yalnızca, Kyle'ın Jedi Vadisi'ne gitmesi ve bu sırada Desann onu orada izleyip vadinin enerjisini açığa çıkarması için hazırlanmış bir hiledir. Tavion kendi hayatı karşılığında, Kyle'ın Star Destroyer'e gitmesi için gemsini kullanmasına izin verir. After fighting his way past some stormtroopers at Cairn Installation - an Imperial base hidden on an asteroid in the Lenico Belt where the Doomgiver is docked - Kyle meets up with Luke Skywalker. From him, he learns that Desann, having found the Valley of the Jedi, has used its energy to empower an army of Reborn, which could number in thousands. After battling several Reborn together, they part ways. Kyle then sneaks across the Cairn base and finds out it is also a large assault ship construction facility, which is preparing for a full-scale planetary assault. Kyle confronts more Dark Jedi, including a new kind of them, known as "Shadowtroopers" - Jedi, equipped with armor, which is both lightsaber-resistant, and also allows some measure of invisibility. Kyle manages to sneak into the Doomgiver before the ship leaves Cairn, but Luke is left behind. After the Doomgiver completes its jump to hyperspace, Katarn uses the ship's communications array to contact the Rogue Squadron. Though he manages to find Jan in the detention block, Kyle's joy is short-lived. In a nasty surprise, he learns that Desann was not as interested in the Valley of the Jedi as he was bent on invading the Jedi Academy, located on the satellite Yavin IV. Kyle destroys the Doomgiver's shield reactor, and kills Galak Fyyarr, in spite of the latter's use of an armored suit that is both lightsaber-resistant and ray-shielded. Narrowly escaping the ship's destruction, Katarn and Jan use an escape pod to land on Yavin IV. Jan hava savaşında yardımcı olmak için bir hangarı yönetirken, Kyle da rüzgarlı ve sisli vadilerden geçerek Jedi Akademisi'ne gider. Çok geçmeden Kyle İmparatorluk güçleri tarafından istila edilen akademiyi bulur, fakat Yeni Cumhuriyet askerlerinin yardımıyla onları savuşturur. Diğer Jedi Akademisi öğrencileriyle birlikte, Reborn'un savaşçıları ve Gölgeaskerlerine (Shadowtroopers) karşı mücadeleye girerler. Kyle yeraltı tünellerinden geçtikten sonra sonunda Desann'la yüzleşir. Katarn Kara Jedi'a İmparatorluk güçlerinin yenildiği gibi Doomgiver'ın da yok edildiğini açıklar, fakat Desann Kyle'ın yeniden Jedi olma teklifini geri çevirir ve aralrında düello başlar. Kyle yener ve Desann'ı öldürür. Katarn tünellerden çıkarak Luke ve Jan'e kavuşur. Kyle Luke'un, ışınkılıcını koruma teklifini kibarca reddeder ve yeniden Güç'ten ayrılmaya hazır olmadığını söyler.